基于生物信息学对头颈鳞癌的关键基因进行分析
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中文关键词:  头颈部肿瘤;癌,鳞状细胞;差异表达基因;生物信息学
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作者单位
冯浩然,粟小平,穆婷,王爽,黄旋平,李翠萍,何雨亮  
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中文摘要:
      目的 探讨头颈部鳞状细胞癌(headandnecksquamouscellcarcinoma,HNSCC)潜在的关键基因。方法 从 GEO数据库中下载GSE6631和GSE13398芯片数据集,通过GEO2R工具筛选出HNSCC癌组织与正常组织的差异表达基因(differentiallyexpressedgenes,DEGs)。HNSCC高通量测序数据从TCGA 数据库中下载,通过R 包edgR 筛选HNSCC癌组织与正常组织的DEGs。利用STRING数据库构建蛋白互作网络(protein-proteininteractionnetwork,PPInetwork)。关键基因通过Cytoscape软件及GEPIA 在线工具进行筛选,并进行GO(GeneOntology)功能注释分析和KEGG (KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes)通路富集分析。最后通过QRT-PCR在临床标本上对关键基因表达进行验证。结果 在本研究中,共筛选出70个DEGs,其中34个基因表达上调,36个基因表达下调。PPI网络中候选关键基因的功能分析显示大部分基因富集于细胞外基质组织、细胞外基质受体相互作用、黏着斑和PI3K-Akt信号通路等。MCC算法结合生存分析,最终确定7个关键基因:PLAU、FAP、LAMC2、SERPINH1、ITGA6、SPP1和MMP1。结论 7个关键基因PLAU、FAP、LAMC2、SERPINH1、ITGA6、SPP1、MMP1可为HNSCC的诊断及治疗提供潜在靶点。
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